污染源在線監測的難點主要包括以下幾個方面：
一、監督管理體系的認知與體驗問題
認知盲區：污染源在線監測工作在排污單位中往往被視爲環境管理部門監督企業排放的工具，而非助力企業生産經營、設施運轉、節能降耗的手段。這種認識導緻排污單位對污染源在線監測工作的體驗感差，形成被動式、應付式的工作态度，爲污染源在線監測數據應用埋下隐患。
責任主體轉變：從管理部門負責設備安裝調試、運行及數據有效性審核，到責任主體瞬間轉變爲排污單位，且對數據的準确性和真實性負責，這種硬着陸式的轉變使得排污單位難以适應，并可能因缺乏相關經驗和能力而出現問題。
二、技術規範與管理體系的複雜性
技術規範複雜且單一：現有的技術規範描述寬泛，不同人員理解差異大，且僅涵蓋廢水和廢氣兩個方面，對于自動監測設備方法和原理的多元化，很多場合無技術規範可以參考。
管理體系不健全：環境管理部門内污染源自動監測工作尚未形成完善的管理體系和機制，多部門參與且互不溝通，導緻相關工作碎片化嚴重。此外，管理文件的泛濫和教條式的監管也制約了相關工作的創新和發展。
三、數據真實性與準确性的保障問題
數據真實性：電子數據容易生成，也容易被篡改，因此作爲證據必須保證其真實性。然而，在實際操作中，由于監測設備維護的專業化需求高、第三方運營公司門檻低、運營公司和排污企業利益關系複雜等因素，可能導緻數據真實性難以保障。
數據準确性：污染源自動監測數據的準确性不僅受技術規範的影響，還受設備性能、運行環境、維護狀況等多種因素的影響。因此，需要建立健全的污染源自動監測數據準确性配套機制和措施，确保數據的準确性。
四、建設與運營成本問題
建設投入大：污染源在線監控系統的建設對排污單位來說是一項不經濟的行爲，需要投入大量資金。因此，在推廣過程中，排污企業可能因經濟壓力而拖延或拒絕安裝。
運營模式多樣但存問題：目前國家并未規定在線設施運營的具體模式，各地推行的原則和方式差别很大。統一運營、特許經營、市場化運營等模式各有利弊，但都存在一定的問題，如市場化運營中運營公司和排污企業利益關系複雜、第三方運營公司門檻過低等。
五、法律與政策環境的不完善
法律法規不健全：雖然我國已經出台了一系列關于污染源在線監測的法律法規和政策文件，但在實際操作中仍存在一些法律空白和漏洞，使得污染源在線監測工作難以得到全面有效的法律保障。
政策執行不到位：部分地區在政策執行過程中存在敷衍了事、走過場等現象，導緻污染源在線監測工作難以取得實質性進展。
綜上所述，污染源在線監測的難點涉及監督管理體系、技術規範與管理體系、數據真實性與準确性的保障、建設與運營成本以及法律與政策環境等多個方面。爲了克服這些難點，需要政府、企業和社會各界共同努力，加強監管、完善法律法規、提高技術水平、降低運營成本并加強宣傳教育。
